为了弘扬祖国医药学，适应内地与台港澳地区日益扩大的中医药文化交流活动，经国务院有关部门批准，国家中医药管理局台港澳交流合作中心于1991年5月正式成立。
  国家人事部人中编函[1991]29号文件批准：国家中医药管理局台港澳交流合作中心为国家中医药管理局直属事业单位，编制15人，经费自理。
  国家中医药管理局国中医药人[1991]28号文件批准，国家中医药管理局台港澳交流合作中心的职责是：

研究对台港澳地区的中医药交流与合作的政策、计划和规划；
组织对台港澳人员的中医药培训工作；
组织与台港澳地区的中医药学术交流活动和技术合作项目；
安排台港澳地区有关学生、学者或人士的接待工作；
收集、编报台港澳地区的中医药学术经验、动态，开展信息咨询服务；
组织对台港澳地区中医药情况的考察活动。

  根据工作需要并经国家中医药管理局批准，中心设有交流培训处、合作开发处、咨询保健处、办公室及北京港湾传统医药发展公司。
  各处、室、公司的职能是：
  一、办公室：

1、负责中心的文秘工作；
2、负责中心的日常行政、后勤服务；
3、负责中心的人事管理和党务工作；
4、负责组织考察。

  二、交流培训处：

1、组织安排海峡两岸的中医药学术活动；
2、组织海峡两岸中医药人士的联谊活动；
3、接待安排台港澳及海外的学术团体、学者到大陆观光、访问、讲学等活动；
4、为台港澳地区的中医药人士举办中医基础、针灸、按摩、气功及专科专病学习班；
5、为台港澳同胞到大陆求学提供咨询和各种服务。

  三、合作开发处：

1、为海峡两岸中医药新技术、新成果的开发、合作、推广、转让提供服务；
2、为海峡两岸中医药人士合作研究疑难重病提供各种服务；
3、为海峡两岸中药企业进行技术及产品的交流合作提供服务；
4、代理或代办海峡两岸的有关中医药业务；
5、受托或配合有关团体、个人组织专家鉴定，提供产品监制。

  四、咨询保健处：

1、为台港澳同胞求医问药提供服务；
2、为台港澳同胞治疗疑难病提供疗效可靠的各种特色医疗；
3、组织和安排台港澳同胞以治病、疗养、康复、保健为目的的各种旅游活动。

  五、北京港湾传统医药发展公司

    中心主任：王承德
    中心地址：北京市朝阳区幸福一村55号 邮编：100027
    电话：010--64160440 传真：010--64932843